I SuperTux styr du pingvinen och huvudkaraktären Tux. Hans mål är att rädda sin flickvän Penny från den onde Nolok. Du måste hjälpa Tux att hitta Nolok genom att kämpa dig i genom olika världar, men du kommer att ha olika förmågor till din hjälp i räddningsförsöket.


Penny är namnet på Tux flickvän och kommer att vara en spelbar karaktär i Milestone 3.

Nolok är Tux antagonist och har fångat Penny.